El herbario CIQR se creó de manera informal en 1979 con las primeras colectas botánicas realizadas por el personal del Centro de Investigaciones de Quintana Roo (CIQRO), con una sede inicial en Puerto Morelos, Q. Roo. En 1985 el herbario se establece de manera formal contando con personal e instalaciones adecuadas, y aproximadamente 2000 ejemplares para consulta. En 1986, CIQRO cambia de sede a la ciudad de Cancún y el herbario también es trasladado. En 1989, CIQRO se establece en Chetumal trasladando el herbario nuevamente con un acervo de 5000 ejemplares aproximadamente. En 1995, CIQRO es transferido a El Colegio de la Frontera Sur, por lo que el herbario adquiere la denominación Herbario EcosurUnidad Chetumal, la colección contaba con 15000 ejemplares en esa fecha (Sánchez & Islebe, 2004). En 1998 el herbario se registró en el Index Herbarium (Holmgren et al., 1998) con el acrónimo de CIQR, y en el 2006 se registró en el padrón de colecciones científicas de SEMARNAT con el nombre Colección Herbario ECOSUR-Unidad Chetumal (ECO-CH-HB) y la clave: Q.ROO-FLO-187-02-06. Actualmente el herbario cuenta con más de 20,000 ejemplares y 3000 especies, colectadas principalmente en el sureste de México. De acuerdo con las cifras anteriores, el herbario ha mantenido un crecimiento sostenido, incrementando el número de ejemplares y la infraestructura de este, resultado del interés del personal y de la institución por tener una colección completa de la flora de la Península de Yucatán, que satisfaga las necesidades de los usuarios. Además, es el único herbario en el estado de Quintana Roo; por lo que, se convierte en una importante referencia para estudios florísticos, taxonómicos y ecológicos.