La colección de corales pétreos de ECOSUR-Chetumal se inició en 1996 a partir del ingreso de los curadores a ECOSUR, y se inició con material procedente del banco de Campeche (Carricart y Beltrán, 1996) y del sistema arrecifal veracruzano. Desde un principio, el objetivo principal fue formar una colección de referencia de los corales pétreos de México, en la que se contara con una representación importante de las especies y zonas arrecifales del país. Dada la naturaleza de la colección, esta se ha incrementado con las recolectas realizadas durante el desarrollo de otros estudios, por lo que rápidamente se incluyeron ejemplares del Caribe mexicano, principalmente de los arrecifes situados al sur de la península de Yucatán (Beltrán y Carricart, 1999).

Posteriormente en 1998, uno de los curadores Juan P. Carricart-Ganivet fue invitado a participar en la primera expedición mexicana a isla Clipperton (Carricart y Reyes, 1999), permitiendo recolecciones de ejemplares tanto de la isla Clipperton como de la isla Socorro; con este material se describió una nueva especie de escleractínio (Reyes-Bonilla y Carricart-Ganivet, 2000), y se logró disponer de registros para el Pacífico oriental mexicano. En 1999, el Museo de Zoología de la ENEP Iztacala de la UNAM donó todos los ejemplares de corales que poseía a nuestra colección, incrementándose significativamente el número de ejemplares catalogados (Beltrán-Torres y Carricart-Ganivet, 2003).

Desde el 2013, la colección es resguardada bajo la curatoría del Dr. Miguel Ángel Ruiz Zárate, al ingresar a la institución y haber salido el Dr. Carricart. Bajo este nuevo resguardo, en 2015 se obtiene el registro de colección científica (Clave: DF-CC-291-15) de la Dirección General de Vida Silvestre, se amplía la colección a corales blandos, producto de una tesis de Maestría (Olvera, 2018) y se realizó un análisis de variación fenotípica de una especie contenida en la colección (Orbicella annularis) producto de una tesis de Licenciatura (Huchin, 2019).