Los inicios de esta colección datan de 1993, año en que el entonces Centro de Investigaciones Ecológicas del Sureste (CIES, antecesor de ECOSUR) abrió una línea de investigación sobre macromicetos. El cepario se dedica a la conservación de hongos macroscópicos, aunque también contiene algunos hongos microscópicos y bacterias asociadas de algún modo al cultivo de hongos comestibles, ya sea como habitantes de la micósfera o bien de los basidiomas. Durante el tiempo que tiene de funcionar este cepario, ha tenido apoyo económico, principalmente de origen fiscal de Ecosur, a través de la línea de investigación “Hongos Tropicales” y últimamente del área de “Colecciones”. Así también, anteriormente, del Subsistema Nacional de Recursos Genéticos Microbianos (Subnargem) e indirectos de Conacyt, Sibej y Cocytech por motivo de varios proyectos de investigación financiados. Inicialmente se enfocó al resguardo de hongos comestibles y medicinales, aunque últimamente se ha ampliado también a macromicetos de interés biotecnológico. Se cuenta con especímenes nativos de Chiapas, particularmente de la región del Soconusco y de la Reserva de la Biosfera del Volcán Tacaná. Una parte importante del cepario está formado por ejemplares obsequiados por otras colecciones de Francia, Estados Unidos, Guatemala y otras colecciones de México. Cuenta actualmente con 342 cepas correspondientes a 10 familias, 11 géneros y 36 especies.