La Colección Entomológica fue creada en el año 1998, siendo su primer enfoque el estudio de los insectos asociados a las plantas cultivadas en la Frontera Sur. No obstante, hoy en día la Colección de Insectos estudia la entomofauna existente en ambientes naturales y agroecosistemas (café, cacao, mango, entre otros) de la región Sureste de México. Esta colección también ha sido de apoyo para los estudiantes en la orientación de Entomología Tropical en la Maestría en Ciencias en Recursos Naturales y Desarrollo Rural. La Colección tiene cerca de 60,000 ejemplares correspondientes a 330 especies. Si bien, esto representa el 7% de los insectos registrados para Chiapas, la Colección Entomológica tiene una buena representatividad en grupos taxonómicos como los escarabajos (Coleoptera: Scarabaeoidea). El crecimiento de la colección en estos últimos años ha sido muy importante, derivado de los proyectos de diversas líneas de investigación de ECOSUR. De estos ejemplares, 20% se encuentra conservado en seco mediante el montaje con alfileres entomológicos, mientras que el resto se encuentra conservado en húmedo principalmente con alcohol etílico al 70%. De acuerdo con el tipo de trabajo curatorial que presentan los ejemplares de la colección, se observa que una gran parte de ellos aún no han sido procesados, representando 30% de los especímenes. No obstante, 26% se encuentra debidamente identificado, georreferenciado, catalogado, correspondiente a los órdenes Diptera y Coleoptera, los grupos mejor representados en la Colección.