En 1981 con la formación del Jardín Botánico en el Parque Rancho Nuevo, San Cristóbal de Las Casas, entre el Gobierno del Estado y el entonces CIES, se crea la primera colección botánica. Al término del convenio en 1984, la colección es depositada en el Museo Ecológico Weber y en 1985, se organiza una colección, con alrededor de 200 ejemplares que da origen al Herbario de ECOSUR (Unidad San Cristóbal). Para 1992, la colección cuenta con 2,690 ejemplares, principalmente de las zonas templadas del estado de Chiapas. En 1997 se contaba con 7, 877 ejemplares provenientes de los Altos de Chiapas y en menor proporción de la Selva Lacandona, en esas fechas el herbario ocupó sus actuales instalaciones, que cuenta con el espacio suficiente para un crecimiento de 10 años. En 1999 con una colección de 11,184 ejemplares de plantas vasculares, se inicia la colección de Macromicetos con 84 ejemplares. Durante ese año y el 2000, se realizan colectas intensivas de Macromicetos en la región de los Altos (alcanzando la cifra de 455 ejemplares). En el 2007 el herbario es registrado en el Index Herbariorum con las siglas “CH”, para entonces se contaba con 18,152 ejemplares. En la actualidad, el herbario cuenta con una colección de aproximadamente 25,800 ejemplares de plantas vasculares en un arreglo alfabético de familias, que se encuentran a disposición del visitante, de las cuales 2,219 ejemplares tienen información etnobotánica. El herbario cuenta además con una colección de 1,000 ejemplares de líquenes.