La Colección de Arácnidos del Sureste de México tiene sus antecedentes en una serie de colectas de artrópodos en los cafetales de la región del Soconusco, Chiapas (iniciadas en 1983), como parte de una investigación sobre la diversidad de estas y sus interacciones con los herbívoros de ese agroecosistema. La colección se concibió originalmente como un medio para documentar la diversidad de las arañas que se encuentran en los cultivos de la región, pero al hacerse evidente el escaso conocimiento sobre este grupo en las áreas naturales del sureste, se decidió incorporar la representación de todos los tipos de ambientes de la región. Su existencia formal comenzó en 1994, cuando se lograron las condiciones institucionales adecuadas para su desarrollo como colección científica. En 1997 se logró la asignación de un espacio exclusivo para el acervo, y mediante un apoyo de la CONABIO se logró la adquisición de parte del mobiliario actual. En ese mismo año la colección quedó registrada ante la Dirección General de Vida Silvestre del Instituto de Ecología, SEMARNAT (Clave: CHI.IN.016.0497).

Posteriormente, a través de los apoyos del propio ECOSUR, de CONACYT y de CONABIO, se logró incrementar la infraestructura de la colección, con mobiliario y equipo adicional. Estos apoyos también favorecieron el incremento del acervo de arañas y la inclusión otros ordenes de arácnidos (excepto ácaros). La colección ha posibilitado la formación de varios estudiantes (de licenciatura, maestría y doctorado) en el estudio de los arácnidos, ecología, taxonomía y comportamiento, como parte de sus tesis. Aunque su representatividad geográfica es mayormente estatal, por su acervo taxonómico se puede considerar una de las 3 colecciones más importantes de México, pues contiene representantes de 10 de los 11 órdenes de la clase Arachnida, y alrededor de un 17% de las especies del orden Araneae (arañas) registradas para el país.