La colección de aves inició en 1990, en el entonces Centro de Investigaciones de Quintana Roo (CIQRO) y hacia 1991 la colección se formaliza e inician colectas sistemáticas en el estado de Quintana Roo. Es importante destacar que a partir de 1996 la colección tomó una dimensión de carácter más regional que estatal y amplió los sitios de recolecta a los estados de Campeche y Yucatán. Se han realizado proyectos entre los que destacan “Estudios ecológicos preliminares de la zona sur de Quintana Roo”, “Formación de la colección de referencia de aves y mamíferos de Sian Ka’an” (clave B114) y “Elaboración del banco de datos de las colecciones del Museo de Zoología CIQRO” (clave P028). Estos dos últimos fueron financiados por Conabio. Esta colección se encuentra resguardada en el Museo de Zoología de ECOSUR en la Unidad Chetumal. Al encontrase en una zona tropical, requiere ser revisada constantemente para prevenir cualquier tipo de deterioro. Recibe ejemplares de investigadores asociados tanto de ECOSUR como de otras instituciones. Actualmente la colección cuenta con 2204 ejemplares pertenecientes a 276 especies, provenientes de 141 localidades de los estados de Campeche, Quintana Roo y Yucatán.