A partir de 1982 la colección inicia sus actividades como parte de un proyecto de investigación sobre estudios epidemiológicos de la enfermedad de Chagas en el entonces Centro de Investigaciones Ecológicas del Sureste (CIES). El objetivo de esas colectas era, principalmente, determinar qué especies de mamíferos presentaban el parasito responsable del padecimiento (Trypanosoma cruzi); los primeros ejemplares fueron preparados a manera de colección y éstos fueron aumentando gradualmente hasta que, en 1985, sumaban 380, por lo que se decidió formar una colección, que llegó a contar con más de 600 ejemplares. Parte de este acervo fue donado al Instituto de Historia Natural del estado de Chiapas, y con el resto se inició la Colección Mastozoológica de El Colegio de la Frontera Sur (ECO-SC-M) en San Cristóbal de Las Casas. Además del acervo que se encontraba, se anexaron los ejemplares del Centro de Estudios para la Conservación de los Recursos Naturales (ECOSFERA) como parte de su integración al CIES. A partir de 1994, y por decreto el Ejecutivo federal, este centro cambia su denominación a El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), reconocido en el año 2000 como centro público de investigación. Las colecciones científicas de ECOSUR quedan formalmente registradas en 1997 ante la Dirección General de Vida Silvestre del Instituto Nacional de Ecología-SEMARNAP.

En 2013 se unificaron las colecciones mastozoológicas de ECOSUR (sedes Chetumal y San Cristóbal de Las Casas) y actualmente existe una sola colección con sede en San Cristóbal de Las Casas. Esta actividad ha permitido que sea la colección mastozoológica más importante del sur de México por su representatividad geográfica, taxonómica y ecológica. En la actualidad está considerada como una colección del siglo XXI por la preservación integral del material y de tejidos para estudios genéticos, la ECO-SC-M es una de las tres colecciones a nivel nacional que está certificada a nivel internacional por la American Society of Mammalogists, como reconocimiento por sus altos estándares curatoriales de calidad. También forma parte de las colecciones biológicas de la CONABIO, de la Red Mundial de Información sobre Biodiversidad (REMIB) y de la red internacional de Código de Barras de la Vida.