Inicia en 1986 en el Centro de Investigaciones de Quintana Roo (CIQRO) con muestras de zooplancton obtenidas en la Bahía de Ascensión. Posteriormente se amplió la cobertura a nuevos ambientes y localidades, con colectas en aguas continentales de Quintana Roo (cenotes, lagunas), en Bahía de Chetumal, aguas superficiales del Golfo de México, el mar Caribe y la plataforma de Yucatán (3,000 muestras). Las muestras de la Bahía Ascensión (Reserva de la Biósfera de Sian Ka´an) y Bahía de Chetumal representan las series más completas, con visitas mensuales durante un ciclo anual y posteriores colectas estacionales (412 y 517 respectivamente). Estos esfuerzos respondían a una necesidad que identificamos desde que formamos el grupo de trabajo: contar con un inventario taxonómico del zooplancton lo suficientemente amplio en términos de ambientes y de taxa para convertirse en una referencia regional. Teníamos al mismo tiempo la responsabilidad de que esta colección tuviera una alta confiabilidad para consulta y para trabajos de corte ecológico. Ello se logró con un estricto control del trabajo taxonómico de los diversos grupos; algunos fueron estudiados por nosotros mismos y otros eran motivo de colaboración con especialistas de otras instituciones nacionales o extranjeras. Actualmente contamos con ejemplares de diversos lugares de todas las aguas mexicanas, tanto marinas como de agua dulce, además de ejemplares de otras partes del mundo. Los grupos taxonómicos estudiados en aguas continentales son básicamente tres, cladóceros, rotíferos y copépodos. En el ambiente marino el número de taxa diferenciados asciende a más de 20 estrictamente pláncticos y cerca de 18 más son formas meropláncticas. En términos de Phyla los grupos taxonómicos representativos de la colección son: Cnidaria, Rotifera, Annelida, Arthropoda, Mollusca, Chaetognatha y Chordata. La colección se registró como colección científica ante la DGVS de la SEMARNAT (Clave: QNR.IN.019.0497).